VALENCIA, 21. März (EUROPA PRESS) –

Ein Forschungsteam des Instituts für Integrative Systembiologie – I2SysBio, einem gemeinsamen Zentrum der Universität Valencia und des Obersten Rates für wissenschaftliche Forschung – und anderer spanischer Zentren hat eine Software entwickelt, die eine Analyse der Entwicklung von SARS-CoV. 2 bei Patienten ermöglicht leiden unter chronischen Infektionen durch dieses Virus, die viele Monate andauern können.

Das Tool namens Vipera (Viral Intra-Patient Evolution Reporting and Analysis) wurde in der Fachzeitschrift „Virus Evolution“ beschrieben und wertet die Entwicklung von Serienproben während der Infektion anhand des automatisch generierten Berichts aus.

Es handelt sich um ein intuitives und skalierbares Tool, das den Zugriff auf die fortschrittlichsten Evolutionsanalysen erleichtert: Es ermöglicht jedem Fachmann, die verschiedenen Populationen des Virus innerhalb desselben Patienten zu verfolgen und ihre adaptiven Veränderungen im Zusammenhang mit ihrer Übertragbarkeit, Pathogenität oder der Verabreichung von Behandlungen zu untersuchen. . Die Abteilung für klinische Mikrobiologie der Hospital Clínic von Barcelona, ​​​​das CIBER für Infektionskrankheiten (Ciberinfec), das Institut für Biomedizin von Valencia (IBV-CSIC) und das CIBER für Epidemiologie und öffentliche Gesundheit (Ciberesp) haben ebenfalls daran teilgenommen Projekt.

„Nachdem wir die Software mit bekannten Datensätzen validiert hatten, haben wir sie erfolgreich auf einen neuen Fall angewendet und es ist uns gelungen, interessante Populationsdynamiken und Hinweise auf eine adaptive Evolution aufzudecken. In Zukunft wollen wir Vipera auf die Untersuchung anderer Organismen anwenden.“ die denselben Patienten nachhaltig betreffen, wie etwa HIV oder Bakterien wie Mycobacterium tuberculosis“, erklärt Mireia Coscollá, I2SysBio-Forscherin, in einer Stellungnahme.

Die Bedeutung dieser Arbeit liegt in der Tatsache, dass sie chronische, pathogenere oder übertragbare Infektionen als potenzielle Quelle neuer besorgniserregender Varianten von SARS-CoV-2 analysiert. „Mit dem erstellten Bericht können wir analysieren, wie sich das Virus während der Infektion entwickelt“, kommentiert Miguel Álvarez Herrera, I2SysBio-Forscher und Erstunterzeichner des Artikels.

Bisher gab es kein Tool, das die Analyse der intrapatienten Entwicklung von SARS-CoV-2 integriert und standardisiert. Die Verwendung von VIPERA ist einfach und generiert einen leicht interpretierbaren Bericht. Darüber hinaus ist es Open Source und skalierbar. „Durch die Anwendung dieses Tools haben wir eine chronische Infektion eingehend analysiert und das Auftreten von Mutationen im Zusammenhang mit Immunflucht und besorgniserregenden Varianten aufgedeckt“, betont Jordi Sevilla, Miterstunterzeichner des Artikels.

Diese Arbeit ist Teil des Projekts CNS2022-135116, das von der Europäischen Union NextGenerationEU/PRTR, dem Ministerium für Wissenschaft und Innovation, der Generalitat Valenciana, dem Europäischen Forschungsrat, dem Ministerium für Industrie und Wettbewerbsfähigkeit und den Fonds finanziert wurde FEDER. Die Rechenarbeiten wurden in Garnatxa durchgeführt, dem Hochleistungs-Computing-Cluster (HPC) des Instituts für Integrative Systembiologie (I2SysBio).